Такая ситуация.
ОС средство самортизировано, но в остаточной стоимости остается одна копейка.
Как избавиться от этих копеек ?

Посмотрите, возможно в базовом методе кода амортизации в "Расч после ОкончПланСрока" стоит "нет", который не позволяет амортизировать ОС после окончания срока службы.

А если без изменения кода амортизации ?

Если не устраивает изменение кода амортизации, можно провести внеплановую амортизацию или корректировку амортизации на сумму этих копеек.

Получилось сделать особой амортизацией - 620 видом движения.
Остальными ругалось, что в данной области можно списать только 0 копеек.
Особая амортизация может чем-нибудь грозить или тоже нормально ?

Особая амортизация не должна чем-нибудь грозить. Только надо будет в отчетах по отдельным типам амортизации учитывать и особую и, конечно, если есть собственная разработка - там тоже.
Я, все-таки, попробовала бы изменить код амортизации, тогда копейки спишутся типовой амортизацией. Но это уже Ваше решение в Вашей ситуации.