Скажите, можно ли на ряду с автоматическим созданием заказа на поставку создавать и автоматически счета-фактуры для контроля счета поставщиков?

а надо ?

и автоматическое создание заказов врядли кто пользует и фактуры тем более.

так вы знаете или нет как делать?
а чем плохо автоматическое создание заказовтна поставку?

Все можно сделать. Не стандартом, так ABAP-ом.
Вопрос: стоит ли шкурка выделки?

вот-вот

имеет смысл разве что для предварительной регистрации счета. можно создавать входящий счет из исходящего через IDOC выходного документа (например для фактурирования другой БЕ).
Если ABAP, то BAPI_INCOMINGINVOICE_CREATE

Опишите подробнее как вы хотите это делать (процесс), тогда вам смогу подсказать более квалифицированно. Но счета-фактуры в САпе можно делать автоматом.

А чем транзакции MRRS и MRRL не подходят?