Заказ ТОРО генерирует заявки на нескладируемый материал. Можно ли использовать эти заявки в логистической цепочке. Заявка -заказ на поставку-приход. Причем приход естественно минует счет запаса.
Либо в соответствии с ПБУ материал для ремонта оборудования обязательно должен попасть на счет запаса.

Если заявка контированная, то дебетоваться будет объект контировки (МВЗ, ОС...). Если в заказе на поставку поставите галку "ПоступлМтр" и "ПМ/БезОценки", то ПМ можно будет провести, но бух.док. не создастся, при проводке фактуры создастся бух.документ Дт2* Кт6* (как пример)

Это все великолепно. Но бухгалтер утверждает, что все материалы должны попадать на счет запаса. Прав ли он?

Это уже как-то обсуждалось. Боюсь, что бухгалтер прав.