Вы писали про сотни цепочек документов.

Ок, пускай 1 заказ.
К нему есть цепочка документов?
Если нет - пересоздайте заказ со ссылкой на нужный документ.
Если да - то ссылка на нужный контракт даст вам что?
Корректную сумму отзывов к контракту? Красивую отчетность? Что-то еще?

Ссылка на нужный (правильный контракт) даст красивый поток документов, за которым тянется красивая отчетность и все остальное

Отчетность можно доработать под ваши нужды.
Т.к. в любом случае это ваша разработка.

Каким образом отчетность будет красивой когда поток документов контракт-заказ на поставку-поставка не красивый?

Например, в позициях заказе(например, длинный текст )указать номер и позицию правильного контракта. Например 000XXXXXXX/000010.
В отчете проверять заполнено ли поле: если да - считаем что контракт 000XXXXXXX/000010 верный и используем его, нет - определяем по текущей логике( vbap или vbfa).

Ситуация, когда указали неверный контракт - я так понимаю все же не типовая.