Нет, нет, на этапе ФМ HR_RU_DAQ_NDFL_AMOUNT уже поздно что-либо делать. Нужно на этапе сбора данных работать, аналогично 2НДФЛ.
В 6НДФЛ на этапе сбора данных работает класс CL_HRPAYRU_PLTAXRUN_CS_PRR, метод collect_outwage_ce. В самом начале организуется цикло по расчетам (
LOOP AT it_results ASSIGNING <lo_result>.). <lo_result> - это будет текущий расчет (для-период).
Далее едет код 
Code:
    get_associated_pyres( exporting it_results = it_results
                                    is_curr_evp = <lo_result>->period
                          importing et_pyres_follower = lt_pyres_follower
                                    eo_pyres_actual   = lo_pyres_actual ).
lo_pyres_actual - это будет ссылка на расчет, в котором периоде это произошло (в-период).
Далее идет обработка сумм и в итоге, вызов me->raise_payroll_evt и генерация события RAISE EVENT if_hrpayru_report_control_cs~check_wage. Обратите внимание, как много параметров при этом передается
Code:
              me->raise_payroll_evt(
                                EXPORTING
                                  i_pernr        = <lo_result>->pernr
                            is_wpbp_check  = <ls_wpbp_check>-wpbp_check
                                  is_evp         = <lo_result>->period
                                  is_rt            = <ls_rt>
                                  irefs_inter      = lrefs_inter
                                  irefs_nat        = lrefs_nat
                                  irefs_versc      = lrefs_versc
                                  irefs_inter_pers = lrefs_inter_person
                                  irefs_natio_pers = lrefs_natio_person
                                  ireft_rgdir      = lreft_rgdir
                                  it_pyres_follower = lt_pyres_follower
                                  io_pyres_actual   = lo_pyres_actual
                                CHANGING
                                  cs_outwage     = ls_outwage ).
Все эти irefs* формируются относительно для-периода, но там есть и lo_pyres_actual - нужный нам в-период.
Событие check_wage получают все подписанные объекты. За определение ОКТМО отвечает CL_HRPAYRU_TAXAGENT, у него есть метод CHECK_WAGE, который получит все эти параметры. Вот тут и нужно действовать - нужно определяться ОКТМО не по irefs*, а по расчету lo_pyres_actual. Модификация заключается в том, чтобы, например, прочитать данные wpbp из lo_pyres_actual, а дальше определять ОКТМО по нему.