Мне кажется, тут есть некоторая путаница между самими структурными полномочиями и отображением структуры где бы то ни было. Это разные вещи.

1. Проверим сами структурные полномочия. Заходим в oosp, находим нашу запись полномочий. Там в таблице есть кнопка "i", нажимаем ее. Получаем список объектов, к которым дает доступ это полномочие. Проверяем, что в списке есть необходимые объекты. В нашем случае, проверяем наличие в списке наших "пустых" ОЕ. Если они есть, то структурные полномочия настроены правильно, пользователь имеет доступ к этим объектам. В транзакции типа pp01 пользователь сможет увидеть/редактировать такую ОЕ.
Полагаю на этом шаге все в порядке, так как - Хотела еще дополнить, что те отделы, у которых нет нижестоящих объектов отображаются в "несоединенных объектах"

2. Если пользователь имеет доступ к объекту через структурные полномочия, а где-то эти объекты не отображаются, то смотреть нужно уже настройку этого "где-то". У этого "где-то" будет своя настройка, и свой путь анализа. Возможно проблема у вас там.
На сколько я помню, в ppome пустые ОE первого уровня сами по себе "уходят" в "несоединенные объекты". С этим ничего не сделать.
Если среди тем 5 объектов, перечисленные в Z_MELIT_2, есть пустые, то они так и будут отображаться в "несоединенных"

+100

Есть

Если в существующий профиль добавить такую строку:
Z_MELIT_2 6 01 O XXXXXXXX O-O_DOWN 1

Что в итоге отображается? XXXXXXXX - общая O.

А на вышестоющую есть полномочия? Просто может получиться, что нижестоящих объектов нет, на вышестоящие нет полномочий. В итоге система интерпретирует их как несоединенные.
Еще в PPOSE, в диспетчере объектов можно выбрать Обновить - Структура+Корни

Отображается общая O со всеми нижестоящими отделами (не только теми 5-ю шт.)

Нету.

Ситуация следующая: есть Отдел 1. У него есть ряд нижестоящих отделов: Группа1, Группа 2.......Группа 25. Нужно дать полномочия только на Группа1 - Группа 5.

Несоединенных же теперь нет?
В неуказанных O объекты P есть? по идее их там быть не должно.
Или так не устроит?

Так не устроит. Надо чтоб при открытии орг.структуры я видела только те 5 отделов, на которые даны полномочия.

Может для ваших 5 отделов указать путь анализа O-O-S-P. Только не знаю, что будет в несоединенных, а что нет.

С этим путем работает точно так же, как с O-S-P

В несоединенные объекты попадают орг. единицы в следующем случае:
Не важно есть у нее вышестоящая орг единица или нет, если вы дали полномочия только на эту орг.единицу., то будет такая неприятность (будет попадать в несоединенные объекты).
Можете сделать в структурных полномочиях, на чтение, на один шаг вверх.
S1 (см. ниже) видна не будет, если дать доступ на O2 и отдельной стройкой на O1.
O1
__S1
__O2
____S2
____S3

Если дать на орг.ед. на шаг вверх, то будут видны другие подчиненные отделы, и это нехорошо...

Попробуйте добавить вторую строчку к себе в профиль полномочий.
Обратите внимание на галку Maint, поля Eval path, Depth

Спасибо!