В управлении сеансами пакетного ввода (SPRO -> Управление материальными потоками -> управление запасами и инвентаризация -> инвентаризация -> значения по умолчанию для пакетного ввода-> имя отчета RM071CN1) максимальное число позиций документа устанавливается до 333 позиций, хотя предусмотрен ввод до 5-ти знаков.
Как выполнить замену максимального числа позиций в документе инвентаризации с 333 до 5000.

Никак... столько позиций не влезет в документ FI, там ограничение по 999 поизиций, т.е. если брать количество позиций на одну позицию материала как 2 + 1 (строка отклонения по цене материала), то и выходит твоих 333 позиции... так что 333 это предел однако...

Можно ли узнать, где в FI установлено ограничение по 999 позиций в документе?

А вы что думаете там подкрутить, ну попробовать конечно можете?! Ну ладно дам я адресок таблица назыавется BSEG, прошу любить и жаловать, однако таблица кластера, поле BUZEI вида NUMC(3) а это значит что больше чем 999 туда не в сунешь... вот отсюда и ноги растут