Если работа в выходной один день, то в ИТ2002 есть вариант указать часы, типа с 8 до 17ти... и оценка проходит нормально

если работа в выходной два дня подряд, то варианта указать время работы у нас нет, мы не можем этого сделать. автоматом ставится галка "ПОЛНЫЙ ДЕНЬ" и в этом случае часы присутствия у нас НОЛЬ... и в оценке соответственно тоже ноль... со всеми вытекающими пустыми таблицами...

не создавать же две записи на выходные в командировке....?

На это повлиять никак не получится, стандарт так себя ведет для многодневных отсутствий/присутствий. Варианта два - или вносить по одному документу на день, что конечно не очень понравится пользователям. Или в оценке времени докручивать алгоритм определения часов по количеству дней. Если в командировках бывают работники, которые работают по ИГРВ отличным от производственного календаря, то задача не самая тривиальная.

Командировка оплачивается по прочему среднему, а работа в выходные и праздничные дни по двойной ставке (ставке текущего месяца, а не по среднему, даже если в командировке), это нужно учесть.

Стандартно используется ИТ2002 Присутствие (обычно заводят сверхурочная работа и работа в выходные/праздничные дни), разумеется можно заводить это как-то по-другому и даже будет работать, но лучше ("правильней") именно так.

Более того при вводе присутствия есть переключатель - одинарная оплата+доп выходной день или двойная оплата (при выборе одинарная оплата+доп выходной создается соответствующий лимит отсутствия).
Ввести по записи на каждый день- не вижу проблем, нет у нас 10 выходных подряд.