Добрый день!
Разбираюсь с нотой 1312501 - Profit Tax Accounting Solution installation RU.
Подскажите, пожалуйста, где прописано (в коде или таблице) соответствие правила учета PTA (V_FAGL_TRGT_LDGR-ACC_PRINCIPLE) решению по НУ new GL?
Будет ли решение работать, если создать собственное правило учета и присвоить свой регистр?

Будет, только в настройках оценки сомнительных долгов для НУ надо не забывать, что вы сделали свое новое правило. Так же надо помнить об этом, если у вас реализован регистр материалов и для НУ используется вспомогательная структура калькуляции.