Всем доброго времени суток.
Сформирован документ по двум позиция с красным сторно (прямой документ, не сторно):
код проводки 70 красное сторно
код проводки 50 красное сторно
Необходимо отсторнировать данный документ, система формирует проводки:
код проводки 50 красное сторно
код проводки 40 красное сторно
В документе сторно красного сторно не должно быть. Это решается настройками или как-то по другому?

Щито *крайняя форма изумления*

Зачем, простите?!

Если абстрагироваться от сингулярности самой постановки задачи, то лечится это выбором причины сторно 01 или 02 в транзакции FB08 или что Вы там сторнируете, по умолчанию они настроены на черное сторно. На всякий случай можете проверить в СПРО - Главная книга - Бизнес транзакции - Корректировки/Сторно - Причины сторно, для 01 и 02 не должна стоять галка Negative posting (первый столбик с галочками)

Причина сторно стоит 03.
Но проблема заключается в том, что вторая область проводит сторнирование документа правильно. Правда по второй области оценки стоят коды проводок финансовые, а по первой - основных средств.

03 - это красное сторно в российской сборке.

Что за вторая область? Вы не могли бы описать пример полностью, что где как проводится?

Да - Российская.
Первая область бухгалтерский учет счета 01*
Вторая область налоговый учет счета N01*

отмените сторно и причину поменяйте на 01 или 02, если я правильно понимаю пример. Что проводите изначальным документом?

Прямым документом проводим корректировку амортизации. Если выбирать причину 01 - то она не поставит красное сторно, но нужно точно знать, что сторнированный документ имеет по двум позициям признак красного сторно, а это не всегда так.
В мануале прописано, что сторно не проставляется в документе сторно если оно стоит в исходном документе автоматически.

Красное сторно зависит от причины сторно, если используете причину сторно 03 или 04 - она поставит Вам красное сторно, не глядя на исходник. А корректировку амортизации вообще делают через внеплановую амортизацию в ОС...