Собственно нельзя назвать проблемой, но хотелось бы поинтересоваться как лучше.

Был целый отдел закупок, под него была выделена целая Группа закупок в системе. Сейчас этот отдел реорганизовался и превратился в другой, под другим названием, другими людьми, но номенклатура осталась та же.

Что правильнее - переименовать группу закупок, или создать новую, удалив старую, и переносить материалы из группы в группу

Если много свободного времени, то можно и второй вариант задействовать.

запасы разве как-то относятся к ГрЗ?

переносить материалы - это менять в ОЗМ одну ГрЗ на другую?