Подскажите, пожалуйста, чем грозит изменение стандартной цены (S2) в середине периода? Если были движения материала. И куда упадут отклонения?

Вы имеете в виду S3, видимо.

Если регистр материалов активирован, нельзя изменить цену, если были движения.

Если не активен, то можно. Отклонения (а вернее, переоценка) упадут на GBB/UMB.

S2 вроде бы тоже возможен, только мало понятен для использования... но смысл тот же, согласен с предыдущим оратором по отклонениям.