Здравствуйте, мне необходимо сделать выбытие материала в одних ЕИ, а затем его поступление уже в других, через вспомогательный счет. Каким образом сделать эти 2 процесса?

А альтернативные ЕИ Вас не устраивают? (т.е. просто присвоить альтернативную ЕИ данному материалу) и не надо будет делать движение.
А так ВДВ 551 и 561, только проверти, чтобы были нужные счета настроены.