Доброго дня. Не подскажите, в чем и где ошибка настройки, если НДС со ставкой 10% при проведении фактуры выглядит следующим образом:
КТ 60 -100
Дт 31 -90,91
Дт 19 - 9,09, а нужно просто 100= 90+10
Спасибо.

Да ни в чем. Все правильно. НДС так и должен рассчитываться.
База НДС - это то, что пошло на 31 счет. От нее рассчитывается 10% на 19 счет. На счете 60 - полная сумма (база + НДС 10%).
Посмотрите внимательно на любой входящий счет-фактуру с 10% НДС. Какие там основные суммы? Неужели НДС равен 1/10 от общей суммы?

Спасибо большое.