Проблему решили. EHP5 активировал в SPRO да и в логике некую настройку в обновлении данных УБ, которая в разработке у нас стояла (вернее в таблице с настройками эта галка была - возможно её через ракурс ведения поставили). Та логика, которая предусмотрена этой настройкой у нас соответственно не настроена и поэтому сплиттинг работал не верно.

Но сейчас есть другая проблема: разделение документа мы настраивали не изучая процесс, а так сказать лишь бы работало.
У нас при контроле счетов на позицию запланированных затрат на доставку не правильно делается разделение и поэтому при выравнивании такой фактуры с платежём или при её сторно выходило сообщение FMUP044, но раньше оно было предупреждением и соответственно мы его просто игнорировали, а сейчас SAP сделал это сообщение в данном моменте ошибкой.
Есть подозрение что у нас не правильно указан тип позиций для 15-х счетов ПМ/ПС - стоит тип позиций 03000 - кредитор (настраивал не я и поэтому не знаю почему). Подскажите какой тип позиций нужно ставить для этих счетов? - читать документацию просто некогда, а в слепую поменять чтобы работола в данной операции тоже страшно, т. к. не ясно где это может вылезти.
Самое интересное что при контроле счетов на позицию материала используется другой 15 счёт, но с такими же настройками (сплиттинг делается такой же не правильный), но по этим фактурам и выравнивание делается и сторно без ошибки.