Ситуация следующая. Настроили позицию TAB для сбытого заказа. При создании позиции генерится заявка на закуп, с привязкой к этому заказ/позиции. Потом на основании этой заявки делается стандартная цепочка заказ на поставку-приход. Товар автоматом падает в особый запас с привязкой к сбытовому заказу/позиции. Проблема в следующем. Если создали пять разных заказов клиента на конкретный товар, в каждом понемногу. Естесно никто не будет ваять заказ на поставку и приход на пять позиций одного и того же товара, потому как от поставщика этот товар придет одной позицией на суммарное количество. Если компоновать эти пять заявок в одну, то я теряю привязку к сбытовым заказам. Как так изогнуться, чтобы решить эту проблему. Ничего кроме своих дописок в голову не приходит. При перечислении в заказе на поставку в закладке "Партия поставки" ссылок на разные заявки, сап грязно ругается что заявки контированы на разные заказы.

Попробуйте создавать сводую заявку для которой указывать множественную контировку на отдельные позиции заказов клиента.
Для типа контировки М это работает, для E -не помню, нужно посмотреть.

Тут тоже ерунда какая-то. Когда заявка с типом контировки M создается автоматом из сбытового заказа, все проходит отл. Когда создаю вручную по образу и подобию автоматических заявок, он ругается что счет 41****** не допускает прямых проводок.

У вас в настройке счетов, видимо, для модификации VKA прописан счет запаса 41***, в вы пытаетесь на него выполнить проводу расхода,вот система и ругается.
Пропишите другой счет.
Вообще говоря нужно посмотреть какая модификация у вас стоит в типе контировки М, может там и не VKA.