При создании исх. поставки на заказ создается поставка только с частью позиций, т.к. типы прейскуранта разные. Как отключить эту проверку?

Деление на несколько поставок делается на основании LIKP-ZUKRL(определяется в настройках копирования для каждой позиции).
Для всех позиций совпадает -- поставка одна, нет -- две и более.
Смотрите правила копирования.