Думаю тут есть два варианта. Или делать одну проводку в конце периода и к ней прикладывать какой-то отчет расшифровку.
Или второй вариант - писать расширение которое будет начислять НДС непосредственно в док-те выравнивания (там где рождается суммовая). Во втором случае рекомендую хорошо тестировать, а то известны случаи

Есть такое замечательное Open-FI событие - 1120. Ну или 1020/1025 если одну ноту откатить.
...
В доп. данные БЕ есть такой параметр - "Запись налога для курс. разн.". Понятия не имею что это и для чего, но можно попробовать порыться.