Есть материал (ТМЦ), с управл.ценой V, поступающий в запас проекта.
В договоре указана одна цена, при ПМ она другая.
При этом на счет запаса идет по цене как в договоре, а разница падает на 16 счет.
Соответственно, в обзоре запасов (MB52) материал виден по цене как в договоре.
Возинкает необходимость перерасчитывать сумму с 16 счета.

Можно ли вообще избежать появления разниц в этом случае?

Управление ценой V у Вас стоит для материала под запас проекта или просто в ОЗМ? Посто очень часто ОЗМ создают со стратегией V, а запас проекта в свою очередь оценивают с помощью стратегии S. В этом случае у Вас отклонения на 16 счете всегда будут.