К сожалению документацию по настройке в интернете я найти не смог.
<...>
Итого: Есть где нибудь внятное описание алгоритма автоматического определения корреспонденции, что и в какой последовательности делается?

http://rapidshare.com/files/280258530/D4.pdf

Собственно разделение происходит по следующему алгоритму, после того как документ отобран (согласно логическому правилу) и отсортирован (согласно правилу сортировки), подсистема идет сверху вниз по позициям и отбирает все позиции, у которых значения полей указанных в правиле разделения совпадают.
Как только у следующей позиции значения полей, указанные в правиле сортировки, расходятся со значениями полей из текущей позиции, подсистема анализирует сальдо отобранных позиций.
Если оно нулевое, то из отобранных позиций формируется поддокумент и из оставшихся позиций документа подсистема набирает новый поддокумент согласно алгоритму разделения.
Если же сальдо поддокумента не нулевое, то алгоритм разделения прекращает свою работу попытка признается неудачный. Все набранные до этого поддокументы ликвидируются и в дальнейшей работе такой документ рассматривается как единое целое.
Если же в результате работы алгоритма разделения удалось поделить документ на некоторое количество документов, то к каждому поддокументу применяется Алгоритм составления корреспонденций

алгоритм реализован в функциональном модуле J_3RK_KORRSCH_MOVE5_KRP_ALL. Его можно кратко описать следующим образом.
1. Все позиции документа собираются в общую таблицу.
2. Напротив каждой позиции проставляется приоритет, соответствующий счету в этой позиции из таблицы приоритетов (см п.4.4. Настройка приоритетов счетов для автоматической интерпретации документа).
3. Общая таблица с позициями сортируется по следующему правилу ПРИОРИТЕТ ↓ СУММА ↓ НОМЕР ПОЗИЦИИ ДОКУМЕНТА ↓ НОМЕР ДОПОЛНЕНИЯ ↑ НОМЕР ССЫЛКИ ↑.
4. Если в списке позиций нет позиций с ненулевыми приоритетами, то вспомогательный алгоритм завершает свою работу переходя на пункт 10.
5. Определяем какая позиция(дебет или кредит) находится на самом верху отсортированного списка позиций.
6. Ищем в этом списке позицию с противоположным знаком (если в пункте 5 была отобрана дебетовая позиция, то ищем кредитовую и наоборот) находящуюся с как можно выше (неважно есть ли у нее приоритет или нет) .
7. Корреспондируем между собой позиции отобранные в пунктах 5 и 6 на сумму наименьшую содержащуюся в этих позициях. Если нужно, то создается подпозиции на сумма остатка одной из позиций.
8. Если была создана подпозиция остатка и она относится к позиции отобранной в пункте 5, то, тогда переходим к п.6.
9. В противном случае переходим к пункту 3.
10. Конец.