Материал ведется без раздельной оценки, с управлением ценой "V".
Ситуацию опишу на примере:
Есть материал1, который закупаем на склад 1 по одной цене и второй закупкой закупаем тот же материал по другой цене. Списание материала идет по средней.
Приход: склад1 2 шт на сумму 200 руб склад2 2 шт на сумму 80 руб в итоге цена на обоих складах за 1 шт = 70руб.
Расход: склад1 2 шт на сумму 140 руб склад2 2 шт на сумму 140 руб.
в итоге, если смотреть запас на каждом складе, то на складе1 осталось 0 шт на сумму 60 руб, а на складе2 осталось 0 шт на сумму -60 руб.

Подскажите плиз способы, как исправить ситуацию. Сторнировать документы допустим нельзя.

По идее оценка материала ведется на уровне завода, а не склада.
А это означает то, что средняя цена материала будет одинаковой на всех двух складах. Следовательно расход также будет проводится из обеих складов по одной и той же цене.
Не может быть стоимости без количества да и еще на уровне склада.

Такая ситуация может быть. Пример, по моему это показывает. Если мы не смотрим запас в разрезе склада, то все нормально. Но если посмотреть в разрезе склада, то получается вот такая фигня.
Дак, что все-таки можно сделать в такой ситуации?

Например, есть такой вариант:
провести поступление с технического счета на каждый склад по одной штуке материала (их не так много), затем списать материал на технический счет с указанием цены (открыть поле).

morte, вам уже ответили.
Если не активированна раздельная оценка и не используются особые запасы, то уровень оценки стоимости материала - завод.
То есть, понятие "цены материала на складе" в САП - бесмыссленно именно в силу того примера, который вы привели. Цена ведется на уровне завода. Если материал попал на два склада одного и того же завода по разной цене, то цена немедленно усредняется и далее все движения оцениваются именно по этой средней цене на заводе (V).

Видимо меня просто не понимают. Я прекрасно знаю, что цена усредняется и списывается все по средней. Но допустим, сначала все думали что материалы ведутся на уровне завода, а потом узнали что нужно вести в разрезе склада, тогда:
1) материалы, по которым были обороты, списываются и допустим блокируются.
2) создаются новые, с теми же названиями, но уже с раздельным видом оценки (вид оценки равен номеру склада).
3) загружаются запасы на новые материалы на каждый склад (вид оценки).
4) если смотреть оборотку по материалам, то старые материалы в неё попадают с количеством 0, и не нулевыми суммами.

Вот эти нулевые суммы и надо убрать.

раздельная оценка естественно активируется

Оборотка стандартная или самописная?

самописная. но в отчете mb51 отрицательные запасы видно (материал списан и кол-во = 0, но сумма есть на конкретном складе).

Может быть стоит поискать причину в самописной оборотке? Сравните для начала результат со стандартной (программа J_3RMOBVED).
И откуда в MB51 вы увидели запасы?