Создаю заказ клиента на 10 единиц.
В ведомости ППМ (MD04) заказ отражается как потребность -10.
Создаю по этому заказу поставку на 3 единицы.
В ведомости ППМ заказ исчезает. Вместо заказа вижу поставку, которая создает потребность -3.
Непоставленные по заказу 7 единиц выпали из потребности.

Не пойму в чем дело.

возможно у вас стоит большой толеранс недопоставки по позиции заказа, например 100%, в вашем случае не менее 70%, тогда при создании поставки система видит, что остаток входит в процент недропоставки по позиции заказа и сносит потребность по самому заказу, вычищая VBBE

стирайте процент недопоставки и заказ появится на все оставшиеся 7 единиц с поставкой на 3 и всё в VBBE