Попытка №2.
В вашем случае возможно стоит посмотреть, как именно происходит перезатирание остатков лимитов. Есть подозрение, что это не перезатирание, а дополнение до полного права. Для этого запустите программу RPTQTA00 в тестовом режиме и посмотрите, что именно сгенерилось этой программой. Например, у вас был остаток 2, а программа сгенерировала 26, и в итоге в ИТ2006 вы увидите не 2 и 26, а 28, т.е. произойдёт как бы "перезатирание".
В таком случае стоит обратить внимание на настройку правил генерации лимитов (T559), а конкретно на (T559V), где определяется каким образом создавать период действия для лимита. И если в настройке есть привязка к какой-либо дате ИТ0041, например, от вида даты '01' на 1 год, то проверьте периоды действия записей в ИТ0041. Если там есть запись с этим видом даты, которая начинается между begda и endda записи ИТ2006 с остатком лимита, то при генерации лимита на следующий период попутно произойдёт "дополнение" остатка.
Чтобы избежать этого, начинайте begda записи ИТ0041, содержащей вид даты, от которого генерятся периоды действия лимитов, с даты + 1 день от endda записи ИТ2006 с остатком лимита.
Пример.
ИТ2006: begda=07.11.07 endda=06.11.08 anzhl=15
ИТ0041: begda=07.11.08 endda=31.12.9999 dat01='01' dar01=07.11.08
Вид даты '01' приведен для примера, обычно используют отдельный вид даты именно для определения отпускного периода.