версия системы 5.0?
Читайте OSS-note 913805! На форуме уже обсуждалась эта ошибка.

не, версия 4.7

Похоже что решение найдено (одно из возможных)!
Можно включить возможность корректировки базы налога:
Финансы-Основный параметры финансов-Налог с оборота-Основные параметры-Изменение управления полями для базовой...

В этом случае правлю не только сумму налога, но и базу, например:

Дт Затратный счет 10000
Дт Затратный счет (НДС) 40000
Кт Поставщик 50000

Для этого на закладке налоги проставляю базу налога равной 200 000 (ставка 20%)