Класс оценки у вас настроен правильно, а вот проблема мне кажется заключается в том, что вы с одного заказа приходуете материал в разные запасы (я так понимаю, руками), а правило расчета оно одно! и если ваш pp-заказ не привязан к заказу клиента, то в нем естественно будет стоять расчет на материал в общем запасе (не верите? посмотрите табличку cobrb по этому заказу).

Выход такой - приходуйте все в общий запас, а потом переводите нужное количество из общего запаса в запас клиента, регистр материала сам добросит отклонения...