В бухгалтерский документ сбытовой фактуры тянется не тот код НДС, который нужен и соответственно неправильные счета. Подскажите где это перенастроить?

у вас в позиции сбытовой фактуры какой код НДС выбирается - тот же или он в SD фактуре один, а в FI другой?

Обычно (если не меняли схемы калькуляции) код НДС определяется с помощью триггера налога (вида условия) MW01 c последовательностью доступа MWST. Поэтому:
1. Проверьте настройку последовательности доступа MWST (Расчет цены - Управление расчетом цен - Определение последовательностей доступа).
2. Посмотрите в целевой системе записи условий для MW01 (тр.VK13).
3. Проверьте анализ расчета цен в фактуре, возможно в самом документе незаполнены или заполнены некорректно необходимые поля.

Кстати, у меня нет поля Кода НДС в сбытовой фактуре. Возможно это поле нужно отобразить? Чтобы была возможность, например, поменять его на этапе фактурирования (код налога вижу только в бухгалтерском документе).

если совсем просто, то

1. Зайдите в счет-фактуру
2. два раза кликните левой кнопокуой мышки по позиции фактуры (допустим первой)
3. Перейдите на вкладку Условия
4. Два раза левой кнопкой мышки кликните на строчки с ВУ MWR1 и там посмотрите чем равно поле Код НДС и скажите оно такое же как в FI или нет

если оно такое же, то дело в SD фактуре и следуйте тому, что отписал вам выше troy

Коды НДС одинаковые.

значит все проблемы именно в SD. Если кроме вас некому исправить эту траблу, то делайте так

1. В фактуре провалитесь в позицию и на вкладку Условия
2. Кнопка Анализ - тут смотрите по каким условиям у вас выбралось условие MW01 - слева найите в толбце этот ВУ и два раза на него и справа смотрите на какоом доступе отработало. Подумайте всё ли правильно
3. VK12 в ВУ ставьте MW01 и Enter. Выберите нужную строчку ключей и введите данные, которые видите в анализе и Enter
4. Исправьте установленный там код налога на необходимый. Сохранитесью
5. Сторнируйте СФ и сделайте новую. В FI уйдёт нормальный код налога.