Добрый день, подскажите, возможно ли сделать сторнирующую фактуру идентичной по проводкам к исходному документу всегда, т.е. независимо от выбора счета.

Используйте расширения SDVFX* и замещения FI. В качестве примера посмотрите FAQ по MM, вторая часть
8. Как получить возможность вручную указывать в MIRO контрольный счет кредитора?
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=774
Естественно с поправками на таблицы и особенности SD.
По-моему возможно даже обойтись только замещением. В (SAPMV60A)vbrk-sfakn лежит сторнируемая фактура, по номеру из BKPF (AWTYP = 'VBRK' and AWTYP = <из (SAPMV60A)vbrk-sfakn>) тащите из BSEG записи оригинальной фактуры и проводите необходимые изменения.