Создаем заказ на поставку, индикатор контроль счетов/ПМ отключен.
Вводим счет фактуру поставщика .
Счет проводится, но блокируется для платежа.
Но, что интересно ,после поступления материла счет-фактура не деблокируется. Есть ли какие нибудь настройки чтобы после ПМ счет фактура автоматически деблокировалась для платежа или надо вручную каждую позицию деблокировать?

А почему она должна после поступления деблокироваться?
По какой причине она блокирована у вас?
Может она блокирована из-за отклонения цены заказа от фактуры. Поступление тут вообще не при чем.

Если причина блокировки именно в том, что счет проведен раньше ПМ,
то нужно запускать MRBR с параметром "Автоматическое деблокирование". Настройте периодическое выполнение в фоне с этим параметром.

цена и количество в счет-фактуре не отличаются от цены и количества в заказе на поставку т.е. отклонения ни по цене и по количеству нет.
Может быть условие блокировки платежа для случая когда счет-фактура проводится раньше постуления матерала зашито в стандартной программе или может быть это где то настраивается.

Ну так вы зайдите в MRBR и посмотрите, по какой причине заблокирована фактура (если не знаете). А потом уже в УМП-Контроль счетов-Блокирование счетов-фактур смотрите, что какие виды блокирования и какие допуски у вас настроены.
Блокировки могут быт разные, может у вас вообще стохастическое блокирование настроено... Сначала причину выясните.