Оказалось, что в тестовой системе ненужные средства выбора счёта и классы удалены, но остались заведённые в них основные средства. Плюс по ним были проводки. Теперь система ругается на эти карточки при прогоне амортизации - не может определить счета.
Можно как-нибудь заблокировать эти карточки (в идеале - удалить)?

Попробуйте блокировать для проводки данные ОС-ы через AS05, или изменените параметры амортизации в карточках..

AS05 и AS03 сразу же выдают ошибку AA108 "Класс не существует".

Попробуйте создать заново удаленные классы, поставить нужные коды амортизации у ОС, заблокировать эти ОС, прогнать амортизацию, и потом опять удалить классы.