Колеги создали свою таблицу условий в которой прописали поле Вид налога (в каталоге это поле J_1AFITP в таблице KOMK). Предполагалось что это поле будет заполняться из поля вид налога FITYP из ОЗ Кредитора. Но этого на происходит. Кто-то сталкивался с такой проблемой ?

Потому что этого поля нет в заголовке заказа EKKO (вы ведь наверное там его пытаетесь использовать?)
Поэтому и не заполняется. Заполняйте сами.