Материал приобретен в ед.изм в граммах, при сверке остатков на складе обнаружили что не хватает.
Закупщики утверждают, что все накладные сверили со списанием, все сходится. Но сумма остатка оказалось меньше чем должно быть, что может повлиять на остаток? Может округление как - то влияет?

Чего именно не хватает?
На складе меньше чем по системе? Или остаток в системе меньше, чем сумма поступлений и отпусков?
Пояснили бы публике...
И кстати, насчет, "Закупщики утверждают" - не всегда стоит верить, проверили бы сначала прежде чем пытаться найти проблему (может проблемы и нет).

На складе больше чем по системе, т.е остаток в системе меньше, чем сумма поступлений и отпусков.
В системе я проверила все сходится, я выхожу на сумму остатка в системе.

Ну, если в системе все сходится, то чем вы тогда озадачиваетесь?
На складе больше - значит кому-то по факту кладовщик выдал меньше... Или пришло больше, чем было в документах...
Вообще никакой проблемы нет - проведите инвентаризацию и уровняйте остатки в системе и на складе (у вас будут излишки при инвентаризации).

Округление может влиять, если у вас базовая единица не наименьшая (например, в ОЗМ стоит Т (тонны) а вы делаете проводки в граммах).
В любом случае - округление идет до трех знаков после запятой.

а на сколько расхождение-то?

Да, действительно, на сколько идет расхождение?
И попробуйте транзакцию MB5U. Она показывает разницы от округлений.

Насколько я понимаю, там вобще нет проблем и не стоит искать причину, потому что автор писал...

А то что остаток на складе не сходится с остатком по системе - это уже вопрос не к sap, а к работникам склада.