Добрый день!
Необходимо существующие запасы разделить. Рассмотрены варианты с созданием новых заводов, новых складов, партий, заказов клиентов, запасов проектов, СУС. Эти варианты по разным причинам не очень подходят.
Какой критерий можно ещё использовать?

Виды оценки...
Хотя лучше было бы если бы вы сказали, что значит разделить запасы и какая цель преследуется?

Виды оценки тоже не подойдут, в ОЗМ не прописаны метки. Разделить запасы нужно по заказчикам.

Что значит разделить по заказчикам? На консигнацию передать?

Материал закуплен для нескольких заказчиков. Хотим видеть сколько штук материала лежит на складе, приобретенных для 1-го заказчика, сколько штук для 2- го и т.д.

а партии чем не подходят?

К сожалению, не все материалы ведутся с меткой ведения партиями.

Ну, если вы хотите внести изменения в ваши процессы, то почему бы не внести изменения в ОЗМ. А то вы ничего не хотите менять, но хотите, чтоб все работало...
Создавайте склады тогда под каждого клиента...

Используйте Е-запас (запас заказа клиента).
Или настраивайте проверку доступности.

Автор говорит, что ему никакие варианты не подходят... В том числе и этот...
Правда не понятно почему...

В системе есть стандартный процесс закупки материалов под заказ клиента. В этом процессе материал на нашем складе хранится в запасе E под позицию сбытового заказа.

Напишите, чем именно вас не устраивает стандарт, тогда можно будет предложить другие решения.

Обязательно рассмотрим этот вариант при последующих закупках. Как сейчас быть с существующими запасами?

Попробуйте 412E перевести в запас под заказ клиента.

412E -- это сторнирующий вид движения.
Лучше использовать 413й вдв.

По большому счету разницы нет...