Вопрос. Можно ли удалить документ переноса НДС , в какой транзакции? Делаю так сторнирую документ выравнивания, а потом документ переноса НДС , хотелось бы сделать это бвстрее.

Только так и никак инчае.
1) Отменяете выравнивание через FBRA, и сторнируете документ выравнивания
2) Сторнируете документ переноса, через транзакцию FB08

Либо, если вы создаете документ переноса через транзакцию Fb05, а не Fb01, то документ выравнивания и документ переноса НДС - будет один документ. В этом случае операций будет меньше при сторнировании, но могут быть косяки и они у нас были, вот только трудно вспомнить сейчас какие именно. Поэтому лучше создавать документы переноса через транзакцию Fb01. Хотя можете протестить

Так на всякий случай, можно воспользоваться транзакцией "Массовое сторно документов" F.80, если их много, вот только массовой отмены выравнивания нет, но можно написать шаблончик.