Скажите пожалуйста, должно ли в 998 типе складе (начальный учет запасов) быть складское место (предусмотренное стандартом).

По любасу должно быть. Иначе куда же будешь грузить?
Стандартно оно не создано, используй LX20. Там создашь место в том числе и для 998, кажется называется AUFNAHME.

Т.е.его по любой надо создавать? В стандарте его нету?

Так написал же тебе, LX20 создает места для динамических типов складов 9*, в том числе и для 998