Хм... "занятная" задачка ...
Я в принципе подскажу мало чего, просто хочу обратить Ваше внимание на следующие аспекты:
- из переписки не совсем понял, Вам надо будет сводить мастер-данные к одному виду? Если нет, то поздравляю - у Вас есть шанс. Если да, то советую купить тонну бронзы на памятник и тонну вазелина, снимает головную боль

т.к. Вы имеете классическую сведения мастер-данных между системами... и решать это с помощью BW, мягко говоря не очень... Вот Вы можете забить гвоздь микроскопом? - можете. и я могу, и забивал... но ощущения не очень.
- если Вы посадите человека, который будет грузить все эти безумные файлы 24 часа в сутки, будте готовы, что Вас заставят автоматизировать этот процесс. Кстати я видел интересный вариант решения этой задачки, через внешний mail-demon ... там правда другие проблемы, но как решение мне тогда понравилось - по почте файлы приходили и загружались...
- ну и на десерт... я так понимаю данные Вы собираетесь грузить транзакционные, т.с. для отчетов

Имейте в виду, что транзакционные данные имеют неприятное свойство под названием "корректировка", и ладно если бы просто изменение... это Вы ещё с помощью ODS решите, и дельту в кубик сформируете, а если строчку просто убрали? Порадую сразу, варианты решения есть... но все зависит от внешних условий... можно и с ODS'ками и немного ABAP решить, а можно придумать namespace для файлов и грузить напрямую в куб, с перезатиранием...
//на последок. Перестали грузится файлы, смотрели - смотрели, все ok, но не грузится... в конечном итоге у юзера оказался вирус на компе который менял АНГЛ. буквы на РУССкие... и в файле из символьных полей только единицы измерения - CAR --> САR
Лады, удачи Вам! Экспиренс это всего лишь геморой который удалось пережить...