Не могу разобраться чего не хватает для корректной работы:
Есть счет фактура, по ней есть частичная оплата, например, счет-фактура 1000, платеж 500, позиции выровнены способом частичного платежа. В опциях обработки ОП, подняты флаги «учесть ссылку на счет фактуру», «выбранные позиции сначала неактивны». Создаю платеж на 1000. Запускаю J_3RCALK, при выполнении пакетника сумма остатка по счет фактуре не рассчитывается, а ставится равной 1000, в следствии чего возникает ошибка «сумма частичного платежа больше суммы нетто», если вручную исправить сумму, дальше автоматически считается сумма платежа, которую необходимо выровнять с остатком по счет-фактуре (500). Не пойму в чем может быть проблема расчета остатка задолженности по счет-фактуре.

Попробуйте убрать галку Учесть ссылку на счет-фактуру.

Не советую "играть" галками по принципу "может быть так получиться". Данная опция существенно влияет на правило создания документа выравнивания. На сколько я знаю, в России рекомендуют использовать выравнивание "со ссылкой на счет фактуру". После выравнивания последует операция переноса отложенных налогов, а это уже не место для эксперементов.

галку убрать нельзя, для частичного способа выравнивания это обязательно. Отложенные налоги не грозят в принципе. Но это не выход.

Тема с частичными платежами уже не раз поднималась, это раз.
Работает криво это два.
Воспользуйтесь экзитом это три.