Добрый день.
В заказе настроена неполнота данных позиции для расчета цен.
Если в заказе одна позиция неполная, то по другим не создается фактура. Как можно сделать, чтобы неполнота действовала только на проблемные позиции? Чтобы процесс продажи нормальных позиций не стопорился.

В определении схемы неполноты данных для цены укажите такой статус (или перенастройте существующий снятием галки), который не затрагивает фактуру.

Пробовал. Не помогает. Интересно что в ошибочном сообщении пишет что заказ не полон. Не указывается конкретная позиция, по которой ошибка. Может это такая логика, пока весь заказ не в порядке(расчет цен), он не фактурируется(даже частично)?

Из моего опыта - да, логика именно такая. Что интересно - позиция вполне может пойти в поставку, но при фактурировании тормознет весь документ. IMHO если вам нужно, чтобы остальные позиции были обработаны, то придется на неполной указать Reason for Rejection. Думаю это можно в user exit сделать, ну или в отдельной программе.

Причина отклонения не снимает неполноту. В условии копирования из поставки в фактуру стоит проверка на статус цены заголовка заказа.
Т.е. если хоть одна позиция заказа неполная, то заказ не полон.
Ни одна позиция этого заказа не может быть отфактурирована.
Случилась беда, исправляте неполноту в заказе, потом фактурируете.

Для быстрого снятия неполноты действительно наверно стоит использовать причину отклонения, но придется дописывать чтобы неполнота не взводилась при наличии причины отклонения.

так в чём проблема, меняйте условие копирования

как вариант - в "заказном" экзите делаете проверку на полноту условий. Например PR00. И не заморачиваетесь с журналами неполноты.