Создала новый канал сбыта, прописала группы обновления на уровне позиции, а на уровне заголовка - нет. Чем это может грозить? Проверила ИСЛ все вроде-бы нормально.

Это может грозить непопаданием данных нового рынка сбыта из заголовка документа в отчет.
Но может быть в вашем отчете нет данных из заголовка?

А если теперь исправить настройку, то можно созданные ранее документы "переобновить"? или как?

Можно (Смотреть здесь)