Подскажите пожалуйста, какими транзакциями следует пользоваться для поступления, выбытия и начисления амортизации в целях бухгалтерского и налогового учетов в разрезе видов нематериальных активов, налоговых регистров по начислению амортизации и отражению разниц между бухгалтерским и налоговым учетом.

Теми же что и для подобных операций с основными средствами.
Слишком широкий вопрос.

Спасибо! А никаких отличительных особенностей нет?

Могут быть в зависимости от вида НМА.
В основным они касаются настроек и основных данных. С точки зрения стандартных транзакций - вроде бы нет.