По причине ошибки на уровне базиса при отпуске материала в MM документ материала пропал и статусы поставки не изменились, в то время как в FI документ провёлся. При повторном отпуске FI документы, ествественно, задвоились.

Лишних документов очень много. Гибкая главная книга активирована. Есть ли способ исправить неконсистентность?

PS. Пробовали сделать обратные проводки при помощи BAPI_ACC_GOODS_MOV_REV_POST, но она работает криво. Документ создаётся (его видно в fb03), но сальдо по счетам не меняется (видно в тр. FS10N). При этом тр. FAGLF03 говорит: "Док.не проведен ни в одном регист.".

Такой вариант: можно просто ввести в FI документы, обратные "лишним" документам. Поскольку их много, надо выгрузить все лишние док-ты в Excel (со всеми контировками), поменять местами дебет и кредит и загнать в пакетник. С контрольного счета материалов придется временно снять галочку "Только автоматические проводки". Пакетник сначала загрузить в тестовую систему и проверить суммарный результат загрузки. При формиравании пакетника и при проверке результата вам должен помогать FI-щик.

Не надо городить огород.
Есть нота 32236, в атачменте к ней транспорт с лекарствами. Для использования программ из ноты необходимы знания по организации учета FI/MM.
Удачи.