Добавлены новые коды налогов, где прописывается обработка книгой продаж документов с этими кодами налогов?

Транзакции OBCG и OBCH для версии SAL.
Ну и Декларацию по НДС не мешало бы тоже скорректировать.

в этих транзакциях нужно прописать новые коды налогов и налоговые группы (2 - 10%, 5 - 18%)?
а декларацию где можно скорректировать?

Абсолютно верно - операцию, налоговую группу и оборот по дебету или кредиту, при необходимости.
Для авансов (не помню, в какой именно из таблиц - T007L или T007k, там САП нота есть на сей счет, поищите на форуме) надо проставить арифметический знак "-".

У меня версия 4.6, я настраивала группу D18 для Декларации. В других версиях (выше 4.7 я не знаю). Кстати, для всех версий, кроме Книг, настраивается только T007k.

В версии 4.7 тоже D18 - 3 раздел.