Кредитор возвращает аванс, соответсвенно для регистрации возврата регистрируем дебитора и авансовый платеж , в авансовом платеже указаваем код НДС AC (18% Исх.НДС-авансы полученные). В результате данный возврат попал в книгу продаж, что не есть хорошо.
Далее сторнировали документ авансового платежа дебитора, пытаемся ввести заново (F-29), но система не дает оформить документ без кода налога. В настройках счета для авансового платежа стоит налоговая категория +B и галочка возможна проводка без НДС.

Как правильнее поступить в данной ситуации?

А почему возврат нам аванса (входящий платеж) не провести просто как входящий обычный платеж, возврат от кредитора? И где-нибудь в тексте сделать соответствующую пометку об этом, если надо для отчетности.
Зачем делать входяший аванс? Чего-то не понимаю или не знаю...