Господа, такая вот ошибка при итоговом расчете "НКС кредитовано не полностью", какая причина ошибки? Хотя расчет в итоге выполнен.

А чего написано в правиле расчета? Может это и не ошибка вовсе.

Это не ошибка а предупреджение и говорит оно о том, что НКС расчитан (итоговым расчётом) не полностью, на нём остались ещё затраты, требующие итогового расчёта в будущем.