1.При архивации поставок столкнулась с проблемой- статус фактуры в поставке -Не отфактурировано( хотя оно и не должно фактурится) соответственно не архивируется.
2. При архивации заказов, тоже статус- в работе, хотя все позиции по счету поставлены и отфактурованны
Может кто знает как решить эти проблемы?

В настройке типа поз заказа кажись поле "Релевантность для фактуры" влияет на этот статус и соответственно возможность архивации.

Меня волнуют уже существующие документы -как быть со статусом у этих докуметов? Помогите советом, как можно их заархивировать.

Честно говоря, стандартных выриантов решений не знаю, но как один из быстрых путей, это попробовать update vbuk, vbup сделать

Смотрите релевантность типа позиции фактурированию - наверняка, там не просто так стоит "не отфактурировано" вместо "не релевантно".

А если настройки с тех пор поменялись или фактуру удалили, попробуйте отчет RVDELSTA, он расчитывает правильный статус поставки и обновляет его в VBUK и VBUP (нарыл в свое время в какой-то ноте).