Здравствуйте всем !
подскажите пожалуйста, какой вариант предпочтительнее ?
имеется 2 завода 2 БЕ соответственно

1. 1 закупочная организация ?
2. 2 закупочных организации ?
чем это обусловлено

Для начала необходимо понять как в дальнейшем необходимо получать информацию по закупкам. Например: ты имеешь 2 филиала компании XXX, которая имеет 2 филиала. Если данные филиалы производят децентрализованные закупки, то в дальнейшем по присвоенной для отдельной БЕ закупочной организации можно просмотреть аналитику по децентрализованным закупкам каждого завода.
А если еще есть деп. централизованных закупок, и в дальнейшем стоит задача разделения аналитики по централизованным и децентрализованным закупкам, то вообще рекомендую завести ссылочную закупочную организацию, при этом не присваивай ее ни к одной БЕ.

спасибо за ответ !
ещё немножко по другому
две OOO "ХХХ" ведущие каждый свой баланс в системе могут вестись как 1 завод ?

нет

А как ты свяжешь один завод с двумя БЕ? Если есть необходимость вести оценку ТМЗ по 2-м БЕ, то либо стоит вместо 2-х БЕ вводит бизнес-сферы, либо посмотри про области оценки. С областями оценки не разбирался, но из прочитанного понял, что они и нужны когда уровень оценки не равен заводу. Может я и ошибаюсь.