Добрый день!

1. Создали заказ на поставку (перемещение между дочерними организациями с выставлением счет-фактуры) со ссылкой к заказу на поставку (NB).

2. Создали поставку (вид поставки NLCC).

3. Провели отпуск материала к исходящей поставке (ВДМ 643).

?????4. При создании исходящей счета-фактуры в поле Стоимость копируется нулевая стоимость.

Попробовали настроить копирование из поставки (NLCC) в фактуру F2. Использовал следующие настройки: Правло копирование- Накладная фактура;
Для заголовка-Вид поставки NLCC -> F2; условие копирования - 004, номер присвоения - Е (текущий номер фактуры), и ссылочный номер - C (номер поставки).
Для позиции- Вид поставки-NLCC, тип позиции -> F2, условие копирования - 14 (Заголовок относ. поставки ВП), Данн. VBRK\VBRP-007 (РаздСчетов).

Почему не создается бухгалтерский документ, что необходимо настроить?

а откуда этой стоимости взяться? В поставке то у вас наверное цен нет?
Значит, нужно либо вручную в фактуре цену указать, либо настроить что в фактуре цена подтягивалась из записей условий (для этого поставьте вид расчета цены = b - заново).

В поле - Вид расчета цены стоит B. В документе фактуры на закладке - Позиция подробно в поле Расчет цены стоит- Расчет цены стандарт, в чем еще может быть проблема?

Проблема в виде расчета цены. Он у вас обновляет все, в т.ч. и вручную введенные условия. Соответственно, они обнуляются.
Если у вас цена в заказе (или предыдущем документе) вводится ручками, то измените вид расчета цены - например, на С или G.