Да, по операции

А если списывать материал при подтверждении? Тогда будет сохраняться ссылка на операцию.

можно, но тогда придется делать отпуск материала с одновременным подтверждением операции

Списание материала как раз делаем при подтверждении операции, но 2-мя шагами отдельно подтверждение + отдельно MB11))))))
(если можно соединить эти два процесса воедино - тоже очень хотелось бы знать как? Тем более если это решит мою проблему.)

Это можно делать одновременно, если в настройках управляющих параметров подтверждения (OIOR) - галка "Движение материала"

Галку активировал - но материал при подтверждении не списываетя!!!
Как я понимаю необходимо будет указывать кол-во материалов при подтверждении через ОБЗОР материалов, но данный раздел неактивен (материалы в подтверждаемой операции есть) или я что-то неправильно делаю( (или может еще что нужно донастроить?)

Это глюк 4.0 Короче, при вводе подтверждения, на первом экране помимо номера заказа надо ввести номер операции. Тогда обзор материалов будет активирован. Там дальше можно либо из списка материалы выбирать, либо ручками добавлять позицию.
Пробуй.

Спасибо ВСЕМ - получилось)

Я внимательно прочитал переписку, и ... так и не понял можно ли связать внеплановые списания материалов (документ материалов) с работой (подтверждение + счётчик)? Это нужно для того чтобы к акту о выполненных работах приложить акты на списание материалов (только для этих работ).

Похоже, что невнимательно. Если работа у вас - это операция заказа, то:
1. При подтверждении операции заказа (например, IW41) можно одновременно списать и материалы. Причем для списания предлагаются запланированные для подтверждаемой операции номенклатура и количество. Но ничто нам не мешает добавить незапланированные позиции.
2. Ссылку на операцию заказа можно найти как в таб. AUFM, так и в таб. MSEG: см. поля AUFPL и APLZL

Для внеплановых списаний эти поля не заполняются. (Мы используем транзакцию IW42).

ну что тут можно сказать? с использованием IW41 они заполняются. Так что если в этом есть необходимость решить задачу можно.