При выполнении операции "Сгенерировать контировки проводок их фактических данных" (в настройках) система пишет:
Число созданных контировок - 0.
Не подскажете с чем это может быть связано? или хотя бы что необходимо проверить?

Надо проверить:
1) Созданы ли бюджетные контировки
2) Проведены ли фактические данные/облиго с релевантными контировками.

Не подскажете транзакции?

FMBSBO/FMBSPO & FMEDD

Первые две транзакции знаю. А FMEDD - что такое? У меня в системе такая транзакция не запускается

К сожалению транзакции для отчета по фактическим данным я не помню(посмотреть сейчас нет возможности). Но что вам мешает залезть в инфосистему и запустить любой отчет по фактическим данным и облиго?