Здравствуйте.
Случилось так, что сгенерился документ с именем логической системы, которая отсутвует в системе. В результате не удается сторнировать этот документ. Как выйти из такой ситуации, на что может повлиять наличие такого документа в системе, например может ли поломаться баланс, сальдо счетов и т.п.?

Попробуйте использовать транз. BDLS. Она меняет лог. систему в таблицах. Запустите в тесте, определите необходимый набор таблиц(с точки зрения осторожности).