Не до конца понимаю тонкость реализации такой штуки:
Создаем заказ - один платильщик, один грузополучатель - фактура одна.
Создаем заказ - один платильшик, один грузополучатель - несколько фактур к позициям.
И самое интересное, собственно обьект исследования:
заказ - один плательщик - несколько грузополучателей -одна фактура.

Вот с последним немного не понятно как реализовать.

А в чем конкретно проблема? В последнем случае с точки зрения потока документов получается что нужно на каждого грузополучателя создать по поставке. Потом или объединить эти поставки в одну фактуру, либо сделать фактуру по заказу.

Попробуйте сделать следующее.
Вариант 1.
В схеме ролей для заказа сделайте роль партнера "ПолучательМатериала" как необязательной. В Исх.Поставке эта роль, разумеется, обязательная. При создании поставки Система предложит вам ввести недостающего партнера для роли "ПолучательМатериала". Т.е. кол-во поставок=кол-ву Грузополучателей. Фактуру делайте по заказу но на поставленнное количество.
Вариант 2.
Создать свое собственное правило копирования Заказ->Поставка. Там выводить окно с выбором грузополучателя, подменяя таким образом грузополучателя определенного по кмолчанию в заказе.
Вариант 2 предлагается как альтернатива варианту 1, если вдруг чего не получится.

Вродебы оно. Спасибо.

Маладец научил плахому. Маладец канечна, изобретательный.

LKU всё разжевал, осталось только проглотить.

Ну, я написал глобально, а Evgeny77 - как конкретно разобраться с ролями партнеров и формированием фактуры из заказа. По-моему, все в порядке